Při použití FFT analýzy je nutné nastavit její parametry. Základní parametry této frekvenční analýzy jsou samozřejmě počet čar a frekvenční rozsah. Tyto dva parametry určují rozsah prováděné analýzy a rozlišitelnost ve frekvenci. Z těchto dvou parametrů vyplývá také doba potřebná pro sběr dat pro provedení vlastní analýzy. FFT analýza má více parametrů, které je možné před jejím použitím nastavit.

Pro každý signál lze nastavit individuálně časovou váhovou funkci, akustické vážení, případně integraci nebo derivaci signálu. Tato integrace a derivace časových signálů je často optimalizována pro použití v akustických a vibračních aplikacích.

Pro FFT analýzu lze nastavit způsob zpracování, ve spektrech (výsledné spektrum je průměrem z vybraného počtu frekvenčních spekter) nebo zpracování časových průběhů s následným výpočtem spektra (nejprve dojde k průměrování časových dat a teprve ta jsou následně použita pro výpočet FFT spektra).

Překrývání "Overlap" je parametr popisující v % jak se překrývají jednotlivé časové průběhy, z nichž jsou počítána FFT spektra. Překrývání je možné nastavit od 0% do 95%. Pokud by výpočet FFT analýzy trval déle, než je umožněno překrýváním, výpočet FFT spektra nebude možné provést. V těchto případech je překrývání možné natavit na Max a systém sám tuto hodnotu upraví.

Způsob průměrování výsledných spekter, lineárně, exponenciálně (kontinuální průběh s důrazem na poslední spektrum) a špičky (získání maximálních hodnot pro jednotlivé čáry ve spektru).

Poslední možnou volbou je režim provádění FFT analýzy. Možnosti jsou základní pásmo, zoom a obálka. Základní pásma umožňují klasický výpočet spektra od 0 Hz do nastavené maximální frekvence. Zoom je nastavení pro zjištění frekvenčního spektra kolem definované střední frekvence. Funkce umožňuje použít velmi vysokou frekvenční rozlišitelnost v nastavené části frekvenčního rozsahu. Obálková analýza je speciálním druhem frekvenčního použití FFT analyzátoru, pro hledání periodických jevů v časové obálce zpracovávaného signálu (nejčastěji při diagnostice poškozených ložisek). 

_{vytvořeno: červenec 2017}